上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中国科学院华东办事处，接管并改造了原中央研究院和北平研究院在上海、南京的研究机构，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中国科学院撤消分院体制，1977年11月恢复成立中国科学院上海分院。

　　上海分院系统现有20家机构（含上海分院）：上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海有机化学研究所、上海营养与健康研究所、分子细胞科学卓越创新中心、脑科学与智能技术卓越创新中心、分子植物科学卓越创新中心、上海天文台、上海药物研究所、上海免疫与感染研究所、福建物质结构研究所、宁波材料技术与工程研究所、城市环境研究所、上海高等研究院、微小卫星创新研究院、杭州医学研究所。

　　上海分院系统有13个国家重点实验室、39个中国科学院重点实验室，并设有中国科学院上海教育基地。