微生物耐药性（AMR）是全球性的公共卫生问题。过去关于环境AMR的研究主要采用的是不依赖于培养的分子生物学方法，如定量PCR（含高通量定量PCR）和宏基因组测序技术等，但是抗性基因（ARGs）的存在并不能完全反映微生物的表型耐药性。因此，发展新的技术挖掘环境中具有表型代谢活性的抗生素耐药菌（ARB）具有重要意义。

基于此，中国科学院城市环境研究所朱永官院士团队崔丽研究组，发展了生物正交非典型氨基酸标记技术（BONCAT），成功实现6种不同耐药菌与对应敏感菌的显著区分。接着将建立的方法应用于实际污水活性ARB的鉴别，发现其丰度较高（0.28%–45.3%），且出水中的浓度仍为4.79 × 104 cells/mL，暗示其潜在的健康风险。进一步结合流式荧光细胞分选和宏基因组测序技术，解析了活性耐药微生物的抗性组和移动组，发现了同时含抗性基因和移动元件的高风险宏基因组组装基因组。本研究提出了一种可在复杂环境中监测和定量活性耐药微生物的高通量单细胞技术，揭示了ARB表型和基因型之间的联系，将推进我们对环境活性耐药组及相关健康风险的理解。

研究成果以High-Throughput Single-Cell Metabolic Labeling, Sorting, and Sequencing of Active Antibiotic-Resistant Bacteria in the Environment为题目，发表于环境领域著名期刊Environmental Science & Technology上。中国科学院城市环境研究所副研究员林文芳为第一作者，崔丽研究员为通讯作者。本研究受到国家自然科学基金、中科院从0到1原始创新项目、及福建省自然科学基金等资助。

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建立高通量荧光法解析环境活性耐药微生物