11月12日,第34期王应睐讲座邀请了美国国家科学院院士、美国艺术与科学学院院士、美国发明家学院院士William (Bill) DeGrado教授主讲,作题为“De Novo Protein Design of Functional Proteins”的报告。本期王应睐讲座由张少庆研究员主持。
William (Bill) DeGrado专注于小分子、多肽和蛋白质的设计,致力于解决生物学机制问题。报告中,DeGrado重点介绍了小分子结合蛋白的设计流程。首先通过参数化设计或生成式AI得到初步的蛋白结构;相应的结构通过Rosetta,LigandMPNN等工具优化序列;得到的序列将再次使用Alphafold,ESMfold,Raptor-X-Single等AI工具预测结构。对于蛋白质-小分子复合物的情形,研究者将使用Glide,Autodock,CHAI-1等工具进行分子对接,并最后通过Amber,OpenMM等工具进行分子动力学模拟,筛选具有实验验证价值的候选蛋白,这些蛋白还可以进一步定向优化,以捕获计算无法察觉的特征。除小分子结合蛋白以外,DeGrado还提及了能够优化纳米孔测序效果的新蛋白,展现了蛋白质设计领域的多样性。讲座受到中心师生的关注,大家与DeGrado积极互动,踊跃参与讨论,现场气氛热烈。讲座结束后中心所务委员陈剑峰研究员为William (Bill) DeGrado教授颁发了王应睐讲座荣誉证书。
William (Bill) DeGrado是加利福尼亚大学旧金山分校药物化学系Toby Herfindal Presidential创业与创新教授和Pliant Therapeutics公司科学联合创始人。作为蛋白质设计的先驱,他创造了"蛋白质从头设计"这一术语。
所务委员陈剑峰研究员为William (Bill) DeGrado教授颁发王应睐讲座荣誉证书